単一の宿主(ヒト、ニワトリ、他の動物)にインフルエンザウイルスの異なる株が感染した場合、それぞれの株に由来する分節RNAを保有するウイルス粒子が出現することがある。新しく遺伝子再集合により出現した株は両方の親ウイルスの特徴を有することがある。
遺伝子再集合はインフルエンザウイルスの大幅な遺伝子の変異の原因となる。特に、
1957年と
1968年のインフルエンザの
パンデミックはニワトリを宿主とするインフルエンザウイルスとヒトを宿主とするインフルエンザウイルスの間に生じた遺伝子再集合により出現したインフルエンザウイルス株が原因となった。