フラボノイドの一種のクエルセチン(ニンニクやリンゴに含まれる)は、フルオロキノロン薬と相互作用する可能性がある。クエルセチンはバクテリアのDNAジャイレースに競合して結合するためである。フルオロキノロン薬の効果が阻害されるか高められるかは明らかになってはいないHilliard, J. J.; Krause, H. M.; Bernstein, J. I.; Fernandez, J. A.; Nguyen, V.; Ohemeng, K. A.; Barrett, J. F. "A comparison of active site binding of 4-quinolones and novel flavone gyrase inhibitors to DNA gyrase." Adv. Exp. Med. Biol.1995, 390, 59-69. PMID 8718602.。
◆ 注意
アルミニウム、マグネシウム、カルシウム、鉄(II)、亜鉛などの金属のカチオンはフルオロキノロン系の抗生物質とキレート錯体を作り吸収を阻害すると考えられている。アルミニウムを含むスクラルファートはシプロフロキサシンの生物学的利用能を約4%まで低下させるSpivey, J. M.; Cummings, D. M.; Pierson, N. R. "Failure of prostatitis treatment secondary to probable ciprofloxacin-sucralfate drug interaction" Pharmacotherapy1996, 16, 314-6. PMID 8820479.。
シトクロムP450系で代謝される薬物の毒性がキノロン薬によって高められる。キノロン薬はまた、GABAA受容体に作用して神経系の病徴(痙攣など)を引き起こすことがある。その作用は非ステロイド性抗炎症薬との相互作用により強められるBrouwers, J. R. "Drug interactions with quinolone antibacterials." Drug Saf.1992, 7, 268-81. PMID 1524699.。